随着人民生活水平的不断提高，尤其是人们对生活质量提高的要求，国内外都在积极发展绿色农业来生产安全、无公害的绿色食品。生产绿色食品过程中要求不用或尽量少用化学肥料、化学农药和其它化学物质。生物肥料被认为是一个重要的解决方案。生物肥料的重要性，就在于保证粮食安全的长期性。
由单纯的菌剂向生物菌剂与营养元素、有机肥、抗生素等的复合生物肥转化。这种转化能够实现生物肥料与药剂的结合，增强肥料的多功能作用。同时剂型由单一向多元化转化，为适应不同的条件，生物肥料可分为液体剂型、草炭载体的粉剂，颗粒剂型、冻干剂型、矿油封面剂型等剂型。
生物肥料必将在微生物种群繁殖生长的同时向作物根际分泌一些此生代谢产物，而其中的一些此生代谢产物具有改善植物营养、刺激生长和抑制病菌等综合功能。许多微生物的功能也不是单一的，因此生物肥料将向功效的多样性发展，除要求应有的肥效外，还应开发兼有防治土传病害作用的生物肥料。
通过筛选高效快速降解农田有机污染物、土壤修复、克服作物连作障碍和秸秆快速腐解的优良菌株，优化生产工艺，缩短培养时间，提高单位产品的菌含量和功能活性，研究和应用保护剂、膜技术材料和工艺，针对环境污染和作物连作障碍等问题，采用生物肥料和种业结合、生物肥料与施肥结合、生物肥料与土壤修复结合等措施，研制高效、抗逆、保质期长、安全的土壤功能修复及克服连作障碍的生物肥料新产品是生物肥料产业的发展重点和方向。
生物肥料的功效是一种综合作用，主要是与营养元素的来源和有效性有关，或与作物吸收营养、水分和抗病(虫)有关。生物肥施人土壤后，生物菌能很快繁殖，形成群体优势，分解土壤中被固定的和不可利用的氮、磷、钾,固定空气中的游离氮，供作物吸收利用。生物活性菌与有机质、无机营养相结合，不仅可以调节作物根系土壤微生物的生态环境，还可以增加土壤中有益微生物的种群和数量。
目前，世界上至少有100多个国家拥有自己的微生物肥料生产企业、产品技术标准和质量监督体系，根瘤菌剂、溶磷生物肥料、解钾生物肥料和微生物土壤调理肥料等应用较普遍。在欧美发达国家农业生产中，生物肥料的使用占肥料总量的20%以上，其中美国、英国生物肥料占肥料总量的比例最高。
据不完全统计，全世界生物肥料注册企业15000多个，注册的生物肥料产品有45000多个，多数国家的生物肥类型在10种左右。据粗略估算，全世界近150个国家生物肥料年总产量达到1亿吨。
相关数据显示，目前全国从事各类新型肥料生产的企业已超过2000家，占全国肥料生产企业总数1/4。新型肥料产业资产规模约为500亿元，新型肥料产业的总产出每年约为164亿元。
夯实根基，积累实力，是其发展方向;面对地域、面向现实，采取多样化发展策略，是其有效途径。市场、政府双轮驱动是其起步阶段的必要措施。特别是在广大西部的不发达农牧区更是如此。传统农区的技术改造，任重道远。
