1.菌盖小而薄：表现为菌盖既薄又小，即使菇龄较长也无法长大，鲜食时没有香菇的特殊香味；其发生原因一是没有完成转色，花菌袋或白菌袋时即进行出菇；二是基料营养明显不足；三是生长的温度偏高。防治办法：没有转色的菌袋，一定要调控条件进行转色；如果基料营养不足，则可在浸泡菌袋时予以适当补充，也可采取“菇面施肥”的办法，比如喷洒食用菌三维营养精素，即可有效加厚菌盖厚度；夏季气温较高，应采取有效的降温措施，如向菇棚的墙壁喷水等。
2.菌盖灯罩形：菌盖呈尖头的灯罩形状，并且明显的变薄，商品质量严重下降。主要原因与上述相同，可参照上述方法进行防治。
3.菌盖波浪形：菌盖边缘呈较规则的波浪形状，亦明显的较薄、较脆。发生波浪形主要是幼菇发育阶段接受了较大温差，同时环境的湿度变化亦很大，尤其当大水直接喷淋于菌盖时，使得菌盖组织发育不正常。防治办法是发生菇蕾后，应保持较平稳的温度和湿度，尤其夏季反季节栽培时，菇棚的温度往往是决定子实体能否正常发育的基本条件。
4.菌盖不周正：具体表现为菌盖或狭长或三角等，不圆整是其主要特征。发生原因主要是幼蕾阶段没有及时切开塑料膜，使其菌盖直接顶到塑料膜上接受了一定的摩擦，或者菇蕾发生比较多，没有及时疏蕾处理，待长至幼蕾阶段，菌盖分化后挤在一起，只要幼时菌盖受挤压，则永远不会再重新长圆整。防治：及时割膜，并进行疏蕾处理，一般只选1～2个幼蕾，勿使过多。
5.菌柄空心：菌柄细长、空心，导致菌盖也很小，主要是基料含水率过低以及空间湿度太小等原因所致。防治措施：每采收一潮后，即应进行泡袋处理，一般浸泡24小时即可使之恢复原先的重量；保持菇棚空气湿度在85％以上。
6.菌柄从裂缝中长出：菌袋含水率过低时，基料开裂，形成狭长的裂口后，即可有子实体从裂口内长出，有的甚至没有完全钻出来，菌盖就在裂口内长大，最终也无法实现其商品价值。防止办法是坚持菌袋浸泡处理，不使其形成裂口。
7.菌柄扭曲：菇棚空气湿度偏低、光照较强或光线角度变换过频时，易发生该现象。防止办法是保持相对稳定的空气湿度，并保持较稳定的光照，一般要求有1000勒克斯的散射光即可满足。
8.蜡烛菇：蜡烛菇的特征就是光秃秃的菌柄上，没有正常的菌盖组织，形似蜡烛。发生原因：一是菇蕾阶段菌盖组织受损，二是棚内二氧化碳浓度过高。防治措施：及时割膜；疏蕾时注意不要伤及欲留蕾；坚持较好的通风，保持棚内较清新的空气条件。
