种子企业数量众多，但竞争力不强，行业集仍然中度低。行业内拥有种子生产经营许可证的公司最多时有8700多家，目前有所减少但仍有超过6000家，但最大的公司市场份额不到5%，行业前十名集中度CR10不到20%，行业过于分散，集中度低。大多数公司经营规模小，没有市场竞争力，拥有育繁推一体化实力的公司不到100家，绝大多数公司没有品种权，只是“代繁”或者“经销”公司。
行业内公司过多会导致市场混乱，抗风险能力弱，因此国家也采取了相应的措施，2011年颁布的新版《农作物种子生产经营许可管理办法》就大幅提高了资本、人才方面的准入门槛，新政策也支持和鼓励种子企业兼并重组，未来种子行业的经营将逐渐趋向于规模化、集中化。
企业育种研发能力不足，缺乏长期发展的核心竞争力。长期的计划经济体制下中国的育种研发都是由国家出资、科研单位育种，种子公司只负责销售，因此虽然市场化已有十多年的时间，公司仍然缺乏自主研发的积极性，研发投入不足，大部分企业研发投入占销售收入的比例都在5%以下，远低于国外10%的先进水平。而科研单位主导的育种存在着研究与市场需求脱节、缺乏分工合作、研发成果产业产业转化率低等问题。
目前大部分公司的经营模式都是购买“品种经营权”，真正有育种研发能力的极少。比如目前市场上占有率最高的玉米种子品种如郑单958、先玉335、浚单20等，都不是参与品种推广的公司自己育成的品种。而即使有研发能力的公司，也由于种质资源、育种方法、育种人才等各方面的限制，育种水平不高，周期长，效率低。良种商品化率低，定价机制不合理。目前中国良种商品化率还不到50%，其中杂交玉米、杂交水稻(主要是籼稻)、棉花、油菜等品种较高，而常规水稻(主要是粳稻)、麦、大豆、蔬菜等商品化率比较低，一方面是农民的种植习惯和思维转变较慢，很多人还愿意自留种。
另一方面也是因为在加工、包衣、包装等方面比较差，大量粗制滥造的种子在市场上流通，不利于农户合理地选择购买和使用种子。此外，种子价格整体偏低，也是由于大量低价低质的种子存在和套牌、倒卖种子的行为泛滥，导致高质量的种子卖不上高价格，严重削弱企业的盈利能力和研发积极性。目前国内玉米、水稻等杂交种子的种粮比大概在1：8-15左右，而小麦等非杂交种子则更低，远低于美国1：20-30的比例，种子费用在种植总成本中的比例仅有6%，与种子对农作物增产高达40%的贡献率严重不匹配。
