合作社发展过程中存在的问题
工商登记不规范。有的地方为了追求入社率，一个乡镇一天中就能通过工商注册登记多个合作社，个别合作社成员资料由村组干部直接提供给工商部门，有些农户都不清楚自己已是合作社的成员。有的合作社为了迎合财政对合作社的补助政策，随意变更合作社的成员数、注册资金等相关资料。
自身运作不规范。按照合作社法规定，合作社每年至少要召开一次成员(代表)大会，讨论生产经营、人事调整、技术服务、利润分配等重大事项。但一些合作社是“企业+合作社+农户”的组织形式，一般情况下，正常开会讨论很少，基本都是理事长说了算，相当于“一人合作社”。有的合作社不能按照合作社与成员之间的合同进行兑现。
财务管理不规范。主要表现在：一是筹集营运资金难。由于合作社的注册资金无需实际资金到账，就没有真正意义上的注册资金可到银行抵押，一旦合作社需要营运资金时，银行不予以贷款。合作社的产品大都是农副产品，利润很低，不能承受民间资本的高利率负担。二是使用资金随意性。有的合作社非生产性支出基本由理事长说了算。货币资金管理不规范，有的合作社筹集的资金不入账，有的合作社的现金管理和使用随意性较大。三是会计核算方法乱。从面上的情况来看，合作社的建账率不足30%，使用会计软件核算记账的只占建账合作社的20%不到。在会计科目的使用上，也不规范。
民主管理不规范。按照合作社法规定，合作社成员一人一票，但是在实际操作过程中，有的成员对于本合作社的股金设置、扶持款项、盈余情况等重要事务并不知晓，并不知道自己应有的权利，一些合作社的经营运作、利润分配都是理事长一人说了算，没有体现出真正的民主管理。
规范合作社发展的对策建议
加强宣传，培训和引进人才，为合作社规范发展创造良好氛围和条件。要充分利用电视、广播、报纸、网络等新闻媒体，多渠道、多层次地宣传“一法一条例”、中央、省扶持合作社发展的优惠政策等。采取请进来、走出去、专题培训等种种方法，对农民合作社负责人、经营管理人员、专业技术人员和财务人员进行培训。通过鼓励大中专毕业生到合作社工作，积极实施“专家进社”服务行动计划等举措，千方百计提升合作社的科技水平和经营能力。
建立健全“三会”制度，充分发挥“三会”作用。建立健全成员(代表)大会、理事会、监事会等“三会”制度，以制度促规范。民主管理和决策社务，每年都要召开成员(代表)大会，对合作社重大决策事项进行民主讨论和决定。合作社会议记录要及时向成员公布，推动社务公开。
实行“四个分开”，明晰产权职责。合作社与龙头企业等领办主体要做到财务、管理、经营、项目“四个分开”，重点做到财务独立核算，管理经营分离，产权关系明晰，股本结构优化，防止一股独大。加强合作社公积金管理，公积金量化到每个成员名下，合作社拥有支配权，成员拥有所有权和收益权。
建立健全成员账户，规范财务管理。财务管理是合作社规范化建设的核心，对保障合作社健康发展至关重要。一是严格按照《合作社财务会计制度》及《合作社示范章程》，制定切实可行的财务管理制度，夯实财务管理基础。建立健全成员个人帐户，准确记载成员出资额、公积金份额和与本社的交易量(额)。聘用专业财务会计人员记帐，定期公开财务报表，接受成员监督。财政扶持形成的资产要平均量化给每位成员，记入成员个人帐户中。
加快“三个服务能力”建设，提升服务能力。按“积极发展、逐步规范、强化扶持、提升素质”的总体思路，加快推进合作社提升发展，鼓励合作社改善生产经营条件，增强自身发展和服务成员的能力。不断加快生产服务能力建设、加工服务能力建设和销售服务能力建设。
强化分类指导，引导渐进式规范发展。根据合作社类型、发展层次和建设水平，因地制宜，因社施策，分类指导。加快提升一批有合作性质、有服务内容的合作社，提高合作社建设的水平和质量。对发展良好的示范社，指导其树立现代经营理念，打造自主品牌;对已具备一定规范发展条件的合作社，指导其优化内部运行机制，密切利益联结关系，不断拓展服务功能;对略有差距的合作社，指导其完善规章制度，补短、补缺，规范组织运行。
落实“四两拨千斤”的扶持政策，做大做强合作社。积极支持财政扶持合作社项目的申报，争取的项目主要用于合作社开展农业“全托管”服务的设施建设、农产品质量认证、市场营销网络、标准化生产、技术推广、培训和信息服务、品牌建设等方面，财政扶持资金形成的财产平均量化给每个成员。指导合作社通过项目建设促进合作社规范化发展，促进合作能力的提升和带动能力的增强，做大做强合作社。
