农村土地承包经营权流转，本质上是农户土地权利和利益的大调整。涉及权利关系广泛复杂，遇到困难和问题较多，概括为以下几个方面：
土地流转主体混乱。我国农村土地承包法明确规定，土地承包经营权流转的主体是承包方，家庭承包的承包方是本集体经济组织的农户，也就是说农户有权依法自主决定土地承包经营权是否流转和流转方式。但在实践中，不仅农户可以自主决定流转，村民小组、村民委员会，甚至乡（镇）政府、县（区）政府也可决定流转，特别是在招商引资，规模经营等土地流转中，有的县乡政府不经农户授权就与外商订立土地流转协议，然后由村民委员会、村民小组通知农户。这种“强制流转”或“被流转”，剥夺了农户的参与权、协商权、监督权。
土地流转行为混乱。表现为农户随意流转与基层政府强制流转并存，口头流转与书面流转共生，有偿、低偿、无偿流转同在。这不仅有违依法、自愿、有偿流转原则，也有违（除代耕不超过一年的）“当事人双方应当签订书面合同”的法律规定。有的市县口头流转协议达到70%以上。有的即使有书面流转合同，也存在条款残缺不全等问题，为纠纷仲裁和诉讼的案件审理留下隐患。
土地流转结果混乱。按照规定，土地承包经营权流转，不得改变土地的农业用途，基本农田不得植树、挖塘养殖。不少地方土地流转后“非农非粮化”倾向明显，改变了农业用途。30%到80%的土地流转后用于种植水果、花卉，发展高效农业、设施农业，还有的用来建坟、建房、建窑、办企业或发展公益事业等。这势必突破18亿亩的耕地红线，给国家粮食安全带来巨大隐患。还有的土地流转后被“资本化”，一些农业企业或专业合作社，租赁农户承包地就等于“买断”经营权，支付租金后，收益分配一概与原承包方无关，转出后原承包农户只能以流转费的形式享受流转前的成果，享受不到流转后的新成果。农村土地承包法规定，承包方对其在承包地上投入并提高土地生产能力的，土地流转时有权获得相应的补偿，包括承包期内农户自愿交回和集体依法收回承包地的补偿权，而某农业大市99%以上没有落实。有个别乡村违规降低流转费，截留、挪用流转款，侵害了农民流转收益权。
土地流转市场混乱，运作机制不健全。让“承包经营权在公开市场上流转”成为十八届三中全会《决定》的一大亮点。一些县市的市场服务体系起步较早，服务功能齐全，已取得良好经济社会效益。但大部分县市流转服务市场体系还未建立或初始建立，缺编制、缺经费、缺制度，在信息收集发布、咨询服务、合同服务、地价评估、纠纷调处等方面功能很不健全。从整体看，不少县乡土地流转市场没有真正建立起来，流转处于自发、无序、混乱状态。
政府服务监管混乱。主要是越位、错位、不作为。如越俎代庖式流转就属主体错位，权力越位，同时存在大量的行政不作为。土地流转是一项复杂具体且涉及农民切身利益的工程。比如流转土地地上附着物处理问题，实际地亩数与承包经营权证书登记的面积及四至不统一问题，流转后社会保障问题，以及纠纷处理问题等，都需要发挥政府“有形之手”的作用。然而，一些农村基层干部服务流转监管市场的意识和能力不足，对土地流转工作是能推不揽，更不用说去积极引导、热情服务了。
解决上述矛盾和问题，必须深入宣传、贯彻党和国家有关土地流转的法律政策，认真落实党的十八大和十八届三中全会精神以及2014年中央1号文件精神，切实转变政府职能，提高农村干部服务市场经济的意识和能力，加快构建新型农业经营体系，培养新型农民。
