建立健全水域污染应急和调查处理机制，及时查明污染原因，科学评估渔业资源和渔业生产损失，依法对渔业水域污染事故进行调查处理。建立涉渔工程建设资源生态补偿机制，所有涉渔工程必须进行渔业水域资源生态损害和修复评估，明确补偿资金的收取、使用和监管，保障落实水生生物资源养护措施。实施江湖生态连通工程，推进大江大河和重要湖泊的生态修复。根据环境容量，合理调整养殖布局，控制养殖密度，优化养殖生产结构，加强投入品管理，减少养殖污染。加强渔业水域生态环境监测体系建设，强化监测能力。加强渔船油污、生活垃圾等废弃物排放管理。
