首先要尽快疏通养殖场的排水通道，排除畜舍内外的积水，以减少蚊虫滋生。及时修复、加固破损的畜舍。如重新建场，畜禽圈舍应建在远离村庄、交通方便、地势高燥和没有污染物污染的地方，圈舍四周应挖排水沟，以减少洪涝灾害时对畜禽生产的危害。
（二）搞好畜舍及环境的消毒
及时清除畜禽圈舍及周边溺死的动物尸体、洪水退去后留下的污泥、粪尿及杂物等。对过水地带畜禽生产场所及周边环境、生产工具进行全面彻底地冲洗，冲洗干净后再进行消毒。死亡畜禽的尸体要进行深埋等无害化处理。清扫后的粪便及污物、杂物等要进行堆积发酵，利用生物热进行消毒处理。要加强通风换气，待舍内清洁干燥后，方可转入畜禽。畜禽转入后，要定期开展杀蚊灭蝇及灭鼠工作，以减少通过蚊虫、老鼠等传播疫病的机会
（三）调整畜禽存栏结构
对低龄、体弱、伤残、病情严重的受淹畜禽要及时淘汰，降低饲养成本。商品畜禽达到出栏标准的要尽快出栏，降低饲养密度。应从无动物疫病区调入畜禽，做好灾后畜禽补栏补养工作。鼓励转变生产方式，按标准化的要求，发展适度规模养殖。
（四）确保畜禽饲料的安全
加强对灾后饲料的管理，防止霉变饲料对畜禽造成危害。在饲料中加入防霉剂，并将饲料保存在空气流通、清洁干燥的地方，抑制霉菌生长。因洪涝而造成的霉变饲料不能直接饲喂畜禽，以防引发畜禽霉菌病及霉菌毒素中毒。
（五）加强畜禽饲养管理
经历了水灾恶劣环境的畜禽，体质下降。在灾后高温高湿的饲养条件下，容易感染发病。因此务必要加强畜禽舍的通风换气，及时更换垫草等，保持畜禽舍干燥卫生，并适时予以降温，给畜禽创造一个良好的生活环境。要根据畜禽不同生长阶段的需要供给营养全面的饲料，适当增喂一些多维、电解质及免疫增强剂等。饲料要少添勤喂，避免发霉。要供给充足、清洁的饮水，饮水中也可加入一些复合维生素，以增强机体抗应激能力和抵抗力。此外，在疫病高发期还要在饲料中添加抗菌素和抗病毒药物，以预防疫病发生。要加强畜禽监测与巡视，仔细观察畜禽活动状况，如有异常应尽快与兽医联系。
（六）防止人畜共患病的发生
要加强做好宣传工作，提高饲养人员自我保护的意识，要注意穿工作服（鞋、帽）上岗和养成勤洗手习惯，特别是发现伤口要及时处理及时医治，不可掉以轻心，尽量避免直接接触病死畜禽，防止感染疫病。
