动物样品采集应遵循下列原则：采取病死动物样品时，须在动物卫生监督机构或在动物疫病预防控制机构监督下配合采样。采集有病变的器官组织，要采集病变和健康组织交界处，先采实质器官，如肝、脾、肾，后采污染的器官组织，如胃、肠等。
动物采样时应采取下列生物安全措施：
1、重大动物疫病未经允许禁止采样，怀疑炭疽时首先采取耳尖血涂片检查，确诊后禁止采样；
2、采样人员必须是兽医技术人员，要具备动物传染病感染、传播流行与预防的相关知识，熟练掌握各种动物的保定技术和各种采样技术；
3、对采样协助人员进行培训，所有人员都必须了解被采样的动物可能带有的疫病，以及可能的感染与传播方式，了解工作过程中出现的异常情况处理，以及个人卫生和其他方面知识。
动物样品采集时存在多方面的生物安全隐患，需要在采样过程中时刻加以注意，主要是以下四个方面：
1、活体采样时动物的自身活动可能产生新的危害，如抓、咬工作人员；
2、可能由于工作人员操作不小心或正在使用的器材设备等引起，如刀片割破、针头刺伤等；
3、动物中也可能有隐性感染病，可污染环境，工作人员和其他有关人员不知不觉地吸入动物散发的气溶胶，有可能造成严重后果；
4、病死动物所带病原和复杂性、未知性，解剖采样过程可能对工作人员构成威胁，对环境造成污染（污水、血液）及对周围动物构成威胁。
