只要一提到转基因，就会触动国人敏感的神经。谁要替转基因说几句话，就会被渲染和炒作，甚至会招来谩骂和人身攻击。在这样的公众认知环境和舆论环境下，我国转基因技术开发应用面临巨大阻力。
稍微了解一点遗传育种知识的人都知道，任何一个新物种的产生都是物种与物种之间发生基因转移（学名“杂交”）重组或者物种发生基因变异的结果，而且这种现象在地球上每时每刻都在发生。自然界的基因转移和重组是基因变异和物种进化的基础。也正因为如此，才有了千奇百怪的物种，才有了千变万化的大自然，才有了人类丰富多彩和幸福美满的生活。物种之间发生基因转移可以分为自然转移和人工转移。所谓自然转移就是自然选择、自生自灭。在没有进化论和遗传育种学之前，地球上的物种就是保持这种自生自灭的自然选择状态。随着人们认识能力水平的不断提高和科学技术的不断进步，发现物种的遗传性状表现主要是由基因决定的，也就是说我们直接感受到的物种特征实际上是遗传基因的外在表现。同时发现物种之间的基因转移可以通过人为干预，物种基因的变异也可以通过人工干涉。基于以上认知基础，杂交育种、基因工程（简称“转基因”）育种、诱变育种（包括物理诱变和化学诱变，太空育种、辐射育种均属此类）技术应运而生。这是人类认识大自然的最伟大发现，为推动人类文明进步作出了重大贡献。
由此可见，无论是杂交育种还是转基因工程育种，从本质上说都是通过人为促成物种之间的基因转移和重新组合产生新的物种，都是转基因育种。其主要区别在于，杂交育种是根据预先确定的育种目标，人为地选择不同的品种组合在一起，在自然状态下通过植物花粉或动物精液等传递途径实现不同品种之间发生基因转移和重新组合，再进行人工筛选出符合预期育种目标的新品种。例如：拟培育一个既高产又抗条锈病的小麦新品种，就必须把具有高产遗传性状的小麦品种与具有抗条锈病遗传性状的小麦品种进行杂交，再在其杂交后代中反复筛选以获得高产抗条锈病新品种。但是这个过程相当漫长，往往需要数年甚至数十年时间才能完成，这就是为什么育种家一生只能培育出为数不多的新品种甚至连一个新品种都不能培育出来的原因所在。典型例子就是杂交水稻，几乎倾注了袁隆平等育种家毕生心血。杂交育种的主要不足：一是育种周期长；二是具有很大的偶然性。因为不知道目标基因是否能够顺利实现转移，也不知道转移以后能否把目标基因的遗传性状表现出来，同时还面临其他基因（搭车）同时发生转移（也就是非目标基因伴随目标基因一起转移）重组的尴尬。因此，能否杂交产生出预期目标新品种具有相当的不确定性；三是品种之间究竟发生了多少基因转移，无法掌控，也不得而知。因为，有些品种究竟包含多少基因，目前仍有很多未解之谜。而且，仅靠杂交育种，已经不能适应全球食品消费快速增长的需求。
