一、基肥的施用：根用芥菜喜富含有机质的土地，所以在整地前一定要施入足量的有机肥，一般可用农家肥或堆沤过的城市垃圾，然后加入草木灰和过磷酸钙。具体用量，视土壤肥力而定，一般每667平方米用农家肥3500～4000千克，草木灰150千克，过磷酸钙25千克，遍撒于地面，然后耕翻入土，耕翻深度达40～50厘米，耙平作畦。
二、追肥的施用：直播根芥生长发育期间可视具体情况追肥5次。当幼苗的子叶展开后进行第一次追肥，用粪水比为1：7的稀粪尿每667平方米施用500千克。第一次间苗后，中耕除草时追第二次肥，用比例为1︰5的粪尿水每667平方米施800千克。定苗后，植株生长迅速，需要充足的肥水，可进行第三次追肥，每667平方米施硫酸铵10～15千克。进入莲座期后，为促进肉质根膨大，可追第四次肥，每667平方米用尿素10千克、硫酸钾4千克。当进入肉质根膨大盛期，追加第五次肥，可加速肉质根膨大，提高产量，此次用氮、磷、钾复合肥每667平方米施15～20千克。追肥施用时要早施，并配合施用磷、钾肥，若追肥过晚、氮偏多，就会使地上部生长过盛，影响肉质根膨大。
三、叶面肥的施用：根芥生长过程中需硼较多，进入幼苗期，可叶面喷施0.1％～0.25％的硼砂或硼酸。在生育初期可喷0.02％～0.05％的钼酸铵水溶液，在露肩后，每周叶面喷施1次2％的过磷酸钙，有显着的增产效果。
