我国是渔业大国，也是渔船强国。据统计，到2011年末，我国渔船总数106.96万艘，其中，机动渔船69.62万艘，非机动渔船37.34万艘。现行《渔业船舶登记办法》自1996年6月1日实施以来，在规范渔业船舶登记行为，加强渔业船舶管理，保障渔业船舶登记有关各方的合法权益等方面发挥了重要作用。但由于渔业经济不断发展和体制机制等方面的原因，渔业船舶管理和登记工作也面临着许多新情况、新问题，如频繁渔船买卖、租赁不办理过户手续，以及异地挂靠现象不断增多，渔船登记与造船审批环节脱节造成“三证不齐”渔船难以消除，执法与管理手段落后等，在一定程度上扰乱了正常渔业生产秩序，也影响了海洋捕捞渔船控制制度的顺利实施。
为切实加强渔船管理，控制捕捞强度，维护渔业生产秩序，保障渔业生产者合法权益，农业部根据法律法规和国务院批准的《农业部关于“十二五”期间进一步加强渔船管理控制海洋捕捞强度的通知》(农渔发[2011]5号)，对现行《渔业船舶登记办法》进行了修订完善。修订的主要内容有：一是根据国务院批准的“十二五”渔船管理控制意见，将渔船登记地由船舶所有人可在居住地和经营地就近选择，调整为在船舶所有人户籍所在地或企业注册地办理登记，同时要求省级登记机关应根据本行政区域渔业船舶管理实际确定有关登记机关的登记权限和船籍港，并对外公告。二是根据实际需要，新增渔船船名核定内容，并将其作为渔船重要管理环节之一，同时对可申请渔船船名核定的情形、核定机关、申请程序、材料要求、办理时限及有效期限等进行了明确，有效促进其与渔业船网工具指标审批、渔船检验、渔船登记和捕捞许可等环节的合理衔接。三是根据《船舶登记条例》等规定，将渔船所有权登记和国籍登记“一并办理、互为条件”调整为“分别办理”，对于船舶所有人要求同时办理的，可以同时办理，并免予提交相同的材料。四是根据《物权法》等规定，明确由渔业船舶所有人提出船舶所有权登记申请。对两个以上的个人或者法人共有的渔业船舶，由持股比例最大的共有人申请，对持股比例相同的，由约定的共有人一方申请，渔船登记机关核发的船舶所有权证书中记载的船舶所有人为申请人，同时在共有栏内注明渔船共有情况。五是根据行政许可管理规定，明确渔业船舶必须申办国籍登记，取得中华人民共和国国籍，方可悬挂中华人民共和国国旗，获得航行的权利。同时规定经批准从事远洋渔业的渔船，需要加入他国国籍的，必须凭有关文件办理中止该船的中国国籍。六是根据管理实际，简化优化渔船登记证书，将现行国内渔船“登记证书”和远洋渔船“国籍证书”合并为统一的“渔业船舶国籍证书”，在文本格式上予以区分不同的航行作业区域。七是根据工作需要，新增了渔船光船租赁核发临时渔业船舶国籍证书，中国籍渔船以光船条件出租到境外的，渔船登记机关需征得农业部的同意，以及渔船所有权和国籍证书申请注销与强制注销，渔船登记证书无效等相关内容，同时为进一步强化管理，还要求各地要建立健全渔船数据库和登记档案，提高渔船信息化管理水平等。
