（1）固氮菌对土壤酸碱度反应敏感，其最适宜pH为7.0~7.5，酸性土壤上施用固氮菌肥时，应配合施用石灰以提高固氮效率。过酸、过碱的肥料或有杀菌作用的农药，都不宜与固氮菌肥混施，以免发生强烈的抑制。
（2）固氮菌对土壤湿度要求较高，当土壤湿度是田间最大持水量的20%~40%时才开始生长，60%~70%时生长最好。因此，施用固氮菌肥时要注意土壤水分条件。
（3）固氮菌是中温性细菌，最适宜生长温度为25~30℃，低于10℃或高于40℃时，并要保持一定的温度，严防暴晒。
（4）固氮菌只有在碳水化合物丰富而又缺少化合态氮的环境中，才能充分发挥固氮作用。土壤中碳氮比低于40~70：1时，固氮作用迅速停止。土壤中适宜的氮比是固氮菌发展成优势菌种、固定氮素最重要的条件。因此，固氮菌最好在富含有机质的土壤上，或与有机肥料配合施用。
（5）土壤中施用大量氮肥后，应隔10天左右再施固氮菌肥，否则会降低固氮菌的固氮能力。但固氮菌剂与磷、钾及微量元素肥料配合施用，则能促进固氮菌的活性，特别是在贫瘠的土壤上。
（6）固氮菌肥适用于各种作物，特别是对禾本科作物和蔬菜中的叶菜类效果明显。固氮菌肥一般用作拌种，随拌随播，随即覆土，以避免阳光直射。也可蘸根或作基肥施在蔬菜苗床上，或与棉花盖种肥混施。也可追施于作物根部，或结合灌溉追施。
