(2)制造和协助农作物吸收营养,有些菌肥施用后,由于微生物的活动,不仅能增加土壤有效养分,还能产生多种激素类物质和各种维生素,从而促进作物的生长;根瘤菌肥中的根瘤菌向豆科植物一生提供的氮素占其一生需要量的30%~80%;VA菌根是一种土壤真菌,它可以与多种植物根共生,其菌丝伸出根部很远,可以吸收更多的营养供各种植物利用,其中以对磷的吸收最为明显。
(3)增强植物的抗逆性。有些微生物肥料的菌种接种后,由于在作物根部大量生长繁殖,成为作物根际的优势菌,它们可分泌抗真菌和细菌的抗生素,从而抑制多种病菌的生长。VA菌根的菌丝则由于在作物根部的大量生长,除了可以吸收有益于作物生长的营养元素外,还可以增加作物对水分的吸收,提高作物的抗旱能力。