微生物肥料的种类很多,按其制品中特定的微生物种类分为细菌肥料、放线菌肥料(如抗生菌类)、真菌类肥料(如菌根真菌类)、固氮蓝藻肥料等。根据其作用不同,微生物肥料可分为五大类:
(1)有固氮作用的菌肥,包括根瘤菌肥料、固氮菌肥料以及固氮蓝藻肥料等。
(2)分解土壤有机物的菌肥,包括有机磷细菌肥料和复合细菌肥料。
(3)分解土壤中难溶性矿物的菌肥,包括硅酸盐细菌肥料、无机磷细菌肥料等。
(4)促进作物对 土壤养分利用的菌肥,包括菌根菌肥料等。
(5)抗病及刺激作物生长的菌肥,包括抗生菌肥、增产菌肥等。