某些化学肥料施入土壤后，分解成阳离子和阴离子，由于作物吸收其中的阳离子多于阴离子，使残留在土壤中的酸根离子较多，从而使土壤（或土壤溶液）的酸度提高，这种通过作物吸收养分后使土壤酸度提高的肥料叫做生理酸性肥料，例如硫酸铵，作物吸收其中的NH4+多于SO42-,残留在土壤中的硫酸根与作物代换吸收释放出来的H+（或离解出来的H+）结合成硫酸从而使土壤酸性提高。所以硫胺、氯化铵等都是生理酸性肥料。石灰性土壤或碱性土壤最好选择施用生理酸性肥料。可以利用肥料的生理酸性溶解一些非水溶性的肥料，以提高其肥效，如将钙镁磷肥或磷矿粉与生理酸性肥料混施，可提高磷肥的肥效。
