钾细菌肥料可作基肥、追肥、拌种、或蘸根，但在施用时应注意以下几个方面的问题：
（1）作基肥时，钾细菌肥料最好与有机肥料配合施用。因为硅酸盐细菌的生长繁殖同样需要养分，有机质贫乏时不利于其生命活动的进行。
（2）紫外线对菌剂有杀灭作用。因此，在贮、运、用时应避免阳光直射，拌种时应在避光处进行，待稍晾干后（不能晒干），立即播种、覆土。
（3）钾细菌肥料可与杀虫、杀真菌病害的农药同时配合施用（先拌农药，阴干后拌菌剂），但不能与杀细菌农药接触，苗期细菌病害严重的作物（如棉花），菌剂最好采用底施，以免耽误药剂拌种。
（4）钾细菌适宜生长的pH范围为5~8。因此，钾细菌肥料一般不能与过酸或过碱的物质混用。
（5）在速效钾严重缺乏的土壤上，单靠钾细菌肥料往往不能满足需求。特别是在早春或冬前低温情况下（钾细菌的适宜生长温度为25~30摄氏度），其活力会受到抑制而影响其前期供钾，使二者效能互补。但钾细菌肥料与化学钾肥之间存在着明显的拮抗作用，二者不宜直接混用。
（6）由于钾细菌肥料施入土壤后，从繁殖到释放速效钾需经过一个过程，为保证充足时间以提高解钾、解磷效果，必须注意早施。
