主要有两个原因：一是国家要求实施出口水果果园、包装厂登记制度，水果进出口企业要建立进货和销货台账，并准备建立出境不合格水果召回制度。由于我国许多从事柑橘出口的柑橘果园和柑橘加工企业都没有办理登记手续，所以受到制约，影响了出口。二是随着世界各国对于食品安全问题的关注程度日益提高以及贸易保护主义的抬头，对于进口农产品的检验检疫标准逐渐提高，检验检疫程序也越来越复杂。我国柑橘生产过程中，由于要防治病虫害需要喷洒农药，所以柑橘鲜果中有毒物质残留超标的现象时有发生，也影响了柑橘鲜果出口的扩大。
因此，那些长期从事柑橘出口的柑橘种植户、企业都要尽快按照国家有关法规的要求进行果园、企业登记。同时，在柑橘生产中避免使用有毒农药，多采用绿色农药、农家肥、有机肥，这样才能避免受到农产品贸易政策对柑橘出口的影响。
