一是有毒有害菌类、植物种子。主要包括毒麦、曼陀罗籽及其他有毒植物的种子。其有毒成分主要为黑麦草碱、毒麦灵等多种生物碱。
二是真菌毒素。在大米中常见的是黄曲霉毒素B1和赭曲霉毒素A。黄曲霉毒素不仅具有强致癌力，而且，具有显著积累毒性，一旦被误食进入体内，便开始在肝脏等器官积累，目前尚无法排毒，是已知致癌力最强的致癌物质；赭曲霉毒素A是曲霉属和青霉属的某些菌种产生的二次代谢产物，具有遗传毒性，可引起DNA的损伤和引起致突变作用，直接危害人类健康。
三是重金属等污染物。多数金属在体内有蓄积性，半衰期较长，能产生急性和慢性毒性反应，还有可能产生致畸、致癌和致突变作用。重金属污染以镉最为严重，其次是汞、铅等，非金属砷的污染也不可忽视。
四是农药残留。当农药过量施用，超过最大残留限量（MRL）时，将对人畜产生不良影响或通过食物链对生态系统中的生物造成毒害。目前在水稻生产中大量使用的农药主要包括有机磷类、有机氯类、菊酯类、氨基甲酸酯类及其他部分除草剂农药。
