近年来，巨野县立足农业大县的实际，大力发展现代农业，实现了以农兴工、以工促农的良性循环。巨野县的165家规模以上工业企业中，有108家是以农副产品加工为主的企业，16家农副产品加工企业先后获得了自营进出口权。这些农副产品加工龙头企业，以不同方式带动农民11万户，占全县总户数的44％，带动生产基地31.5万亩，占全县耕地面积的29%。
因地制宜调整种植业结构。在确保粮食安全的前提下，不搞一刀切，根据已经形成的经济作物种植模式，以蒜棉瓜菜、花生芦笋、林果桑蚕、食用菌、药材及各类畜禽、水产养殖等现有优势，因势利导，把各地高效农业模式典型由几户带动一个村，由一个村带动一个镇，逐步形成“一村一品”、“多村一品”的现代农业专业村。与此同时，巨野县还突出发展畜牧业，加快标准化养殖场建设，大力发展林下养殖和规模饲养，新增林下养殖面积8000亩，新建高标准养殖小区（场）17个，畜禽出栏量达到了390万头（只），畜牧业总产值达到了10.23亿元，鱼类放养面积2.3万亩，实现渔业总产值1.25亿元。逐年提高林地面积、林木蓄积量和林木覆盖率。
切实搞好标准化生产。认真实施农产品质量安全检验检测站建设，健全完善农产品安全体系。重点抓好绿色食品、无公害农产品产地认定、产品认证和标准化基地建设，逐步提高农产品质量。今年无公害产品、绿色产品认证新增10个。
实施农业良种工程、科技特派员示范工程、科技下乡等专项活动，加快科技成果转化和推广应用。今年引进推广32个优良品种，配套推广20项先进栽培、养殖、加工技术，测土配方施肥面积达到80万亩，农作物良种普及率达90％以上，林木良种覆盖率达到65％以上，畜禽良种覆盖率达到80％以上，渔业良种覆盖率达到60％以上。新发展农民专业合作经济组织77家，总数达到180家，带动农户3万户。
巨野县以太平镇苹果基地来吸纳带动田桥、龙?、董官屯等镇区水果业成为基地成员，促进全县果业、果品发展；以大谢集镇大蒜区域化基地，带动核桃园、独山、陶庙、营里、大义、章缝等镇区的大蒜、瓜菜成为区域化种植基地的成员，促进全县瓜菜产业的发展。以佳农果蔬、龙泰果蔬等14家省市级农业产业化龙头企业为龙头，发展龙头＋基地＋经济组织＋农户的“四位一体”模式，新增农产品生产基地10万亩，带动5万农户。目前，全县农副产品加工企业已发展到200余家，其中面粉加工企业30家，年加工原粮50万吨；油脂加工企业35家，年加工能力15万吨；棉花加工企业32家，年加工皮棉8万吨，形成了“市场+龙头企业+基地+农户”的格局。
