据侯凯介绍，2011年的审计工作，审计署把重点放在六个方面。第一，要关注中央政策措施的贯彻落实情况。第二，加强财政资金的审计，特别是有资金分配权的部门对资金的管理情况。第三，加强民生资金和项目的审计，今年要对社保、保障性住房、农业基础设施建设等资金和项目的管理使用情况进行审计。第四，国家重大投资项目的审计，包括京沪高铁、西气东输项目的跟踪审计，还有三峡、汶川地震灾后恢复重建项目的决算审计。第五，环境审计，主要对重要流域、重点环保资金和水资源保护项目进行审计。第六，经济责任审计，今年安排了10位省长、10家中央企业领导人的经济责任审计，还要对一些部长进行经济责任审计。
有网友感觉这两年的审计报告没有前几年“审计风暴”那样反响强烈。侯凯对此表示：“我们一直不主张刮‘审计风暴’。审计报告的质量、层次和水平是逐年提高的，可能过去大家的注意力集中在个案的问题上。我觉得不仅要揭示问题，更应该把关注点放在产生问题的原因上，放在怎么解决问题上，放在通过完善制度来防止问题的发生上。在这方面，审计署做了大量的工作，也是我们努力的方向，就是通过审计促进深化改革、完善制度和规范管理。”
