辣椒开花结果期是疫病高发期，可侵染茎、叶和果实等，苗期发病，现在茎基部形成暗绿色水浸状病斑，迅速缢缩而猝倒。成株期叶片感病形成褐色近圆形病斑；果实发病，从蒂部开始呈水浸状暗绿色病斑，潮湿时，病部有白色霉层，干燥时形成僵果；根和茎发病，呈水浸状暗绿色，后形成黑色条斑，病部以上叶片萎蔫，维管束色泽正常，根系发育不好。
辣椒枯萎病多在开花结果期发生，发病初植株下部叶片大量脱落，茎基部及根部皮层呈水浸状腐烂，地上部分茎、叶凋萎，全株枯死。地下部根系呈水浸状软腐，皮层极易脱落。维管束变褐色，根系发育不良。潮湿时有白色霉层。
这两种病害从症状比较，根茎部及地上部分极为相似，但根系及维管束有所不同，疫病病株维管束色泽正常，根系发育良好，而枯萎病病株维管束变褐色，根系发育不好，呈水浸状软腐。
