大蒜栽培及软化栽培中经常发生的病害有：霜霉病、灰霉病、疫病等，其防治方法同韭菜。此外还有：
紫斑病：初期病斑小、稍凹陷，病斑黄褐色，潮湿的条件下，病斑上布满紫褐色至黑色粉霉状物，排列呈同心轮纹状。防治方法：在无病区或无病种株上留种，防止种子带菌;带菌的种子需消毒后再播种，种子可用40％甲醛的300倍液浸种3小时，取出冲洗干净再播种;选择地势平坦、排水方便的肥沃壤土种植;施足基肥，增施磷、钾肥料;实行2年以上的轮作;经常检查病情，及时拔除病株，摘除病叶、病花梗，集中深埋或烧毁;收割后彻底清除田间病株残体，减少田间病源;发病初可用40％杜邦福星乳油8000倍液、或20.67％万兴乳油2000-3000倍液;或72％克露可湿性粉剂600-800倍液、或68.75％易保 水分散粒剂800-1000倍液、或70％代森锰锌可湿性粉剂500倍液、或2％多抗霉素可湿性粉剂30毫克/千克液、或50％扑海因可湿性粉剂1 500倍液，上述药之一，或交替应用，每10天1次，连续3-4次。
锈病：发病初，在表皮上生有椭圆形至纺锤形的稍隆起褐色小疱疮(夏孢子堆)。以后表皮纵裂，散发出橙黄色粉末。后期在橙黄色病斑上形成褐色的斑点，长椭圆形至纺锤形，稍隆起，不易破裂。如破裂散出暗褐色粉末（冬孢子)。防治方法：发病初可用40％杜邦福星乳油8000倍液、或20.67％万兴乳油2000-3000倍液、或72％克露可湿性粉剂600-800倍液、或68.75％易保水分散粒剂800-1000倍液、或50％萎锈灵乳油800倍液、或70％代森锰锌可湿性粉剂1000倍液、或1毫克／千克的放丝菌酮液、或敌锈钠200倍液、或50％二硝散可湿性粉剂200倍液，上述药之一，每10天1次，连喷2-3次。
白腐病：发病初，叶尖变黄，进而矮化枯死。此时茎基部组织出现水浸状病块，后呈干腐状，微凹陷，灰黑色，并沿茎基部向上部扩展。地下部变黑腐败。叶鞘表面或组织内生满稠密的白色绒状霉，以后渐变成灰黑色，并迅速形成大量菌核。防治方法同紫斑病。
软腐病：鳞茎表面先现水浸状，有时带黄褐或黑褐色，随即腐烂发臭。在鳞茎中部感病则软化腐烂。在地上叶片部位感病，沿叶脉发生小型水浸状软化病斑，叶鞘基部易软化腐烂，并生恶臭。防治方法：与非感染软腐病的作物实行2-3年的轮作;及早深耕，促进病株残体分解，减少虫害，提高肥力;增施有机肥，适时追肥，促进植株健壮生长，加速伤口愈合速度，增强抗病力;适当灌水，雨季及时排水，降低田间湿度;适期播种，防止田间高温;发现病株及时拔除，并撒药消毒;收获后清理病株残体，深埋或烧毁，减少田间病源;早期注意防治地下害虫，切断病菌入侵途径;贮藏期间注意通风，保持0℃的低温;发病初期可用，78％科博可湿性粉剂500倍液、或72％农用链霉素可溶性粉剂4000倍液、或新植霉素5000倍液、或77％可杀得可湿性粉剂500倍液，上述药之一，或交替使用，每10天1次，连喷2次。
大蒜经常发生的虫害有：根蛆，防治方法同韭菜。还有葱蓟马，防治方法：早春清除田间杂草和残株落叶，深埋或烧毁，可减少虫源;勤浇水，勤除草可减轻危害;发生初可用15％杜邦安打3000-4000倍液或50％敌敌畏乳油1000倍液防治，也可用3％马拉硫磷粉剂和2％乐果粉剂1：1混合，每公顷甩22.5-30千克，于清晨喷粉防治。
