番茄不同生育期养分吸收量不同，吸收量随植株的生长发育而增加。在幼苗期以吸收氮素为主，随着茎的增粗和增长对磷、钾的需求量增加。在结果初期，氮在三种主要营养元素(氮、磷、钾)中占50%。钾只占32%。进入结果盛期和开始收获时，则氮占36%，钾占50%。分析番茄整个植株体内氮、磷、钾的比例为1:0.4:2，而番茄对氮和钾的吸收量为施肥量的40%-50%，对磷的吸收仅为施肥量的20%左右，与氮、钾相差1倍。所以，番茄氮、磷、钾施肥量的比例应为1:1:2。由试验结果(表11-3)也可以看出，与单施氮肥相比，增施磷、钾肥有明显的增产效果。
在生产实践中往往出现畸形果。畸形果的出现与番茄花芽分化时遇到低温有直接关系，但是氮肥过多、植株生长时旺，尤其是育苗期间多肥、多湿，茎秆生长过粗，也是产生畸形果的诱因。在生长季施用氮肥过多还会引起顶叶非病毒性"卷叶"，其外形与番茄病毒症状相似，但不是番茄病毒病。不过由于氮肥过多引起卷叶后很容易感染病毒病。此外，高温干旱季节，果实出现的"脐腐病"与钙营养不足有密切关系。
