“十一五”期间，玉溪市争取国家、省、市支持，扶持发展“三优一特”项目，资金投入力度加大，科技进步与创新对农业的贡献率达到50.6%，比“十五”期间的47.62%有所增长。
玉溪市科技部门通过组织申报科技项目，对农产品加工龙头企业给予扶持，促进企业快速发展，形成了一批拥有自主知识产权和知名品牌的优势企业。以江川县宏斌牌小米辣、阳光食品，玉溪猫哆哩食品、滇雪粮油，通海斯贝佳食品，华宁秋波兮柑桔，新平苦荞食品，易门食用菌，峨山玉林泉酒和高香茶为代表的产品和企业，快速发展壮大成为地方重要的龙头企业和知名品牌。通海县有自主知识产权的“中国红”品牌花卉，成为奥运会专用花，打响了玉溪花卉品牌。元江万绿集团承担的《芦荟凝胶冻干粉规模化生产及芦荟乙酰化多糖产业化发展》、《芦荟工业原料系列产品产业化》项目，提高了元江具有资源优势的芦荟产业的技术水平。
玉溪市科技局以项目带动农业产业发展，通过新平《亚热带优质水果产业化开发》、《澄江县黄金梨生态农业试验、示范基地建设》、华宁县《2万亩生态甜柿产业化示范与应用》、玉溪《猫哆哩系列绿色食品开发》、新平县《蔗糖产业化》和《蔬菜十字花科根肿病防治技术推广应用》等科技项目，促进了我市水果及其深加工产业的发展壮大。
通过组织实施“华宁5万亩特色优势柑橘生产关键技术集成推广及产业化”等4个林果项目，推动华宁以柑桔为主的县域特色产业发展；组织实施党政“一把手”书记科技工程项目《玉溪市油菜产业关键技术研究与示范》，大幅提升传统食用油加工产业的技术水平和生产规模。
组织实施“蓝莓丰产栽培技术研究与示范”、“黄金梨生态农业试验示范”，带动澄江县种植业发展，保护抚仙湖周边生态环境；着力支持和发展生态农业，在峨山和通海重点支持有机肥的生产和推广应用，减少农村面源污染；支持有资源优势的生物农药产业发展，支持除虫菊项目与国外展开技术合作，引进优良品种，扩大种植面积；举办了“云南玉溪??北京奥运农业科技成果推广洽谈会”，引进国内先进的农业生产技术，展示了生态农业、绿色产品的形象，促进了我市蔬菜和水果产品在省外的销售。
