菊花品种繁多，头状花序皆可入药，味甘苦，微寒，散风，清热解毒。这就是药菊。按头状花序干燥后形状大小，舌状花的长度，可把药菊分成 4 大类，即白花菊、滁菊花、贡菊花和杭菊花四类。在每一类里则根据原产地取名。在白菊花类里，以产安徽亳县的亳菊品质最佳，其次如河南武陟的怀菊，四川中江的川菊，河北安国的祁菊，浙江德清的德菊等。 由于菊花栽培历史悠久，中国历代都相继有关于菊花品种的大体记录和分类——菊谱的出现。
1967 年汤忠皓对菊花品种提出过一个较为完整的分类法，他根据花径的大小分为满天星和大花两个大区，然后再根据头状花序中舌状花与管状花数量之比，在每个区里分舌状花系与管状花系，最后依据瓣型及瓣化程度分成类与型。在满天星区里，舌状花系有3 类4 型：平瓣类：①平瓣小菊型；匙瓣类：②匙瓣小菊型，③蜂窝小菊型；管瓣类：④管瓣小菊型。在盘状花系里有 1 类 2 型：托柱类：⑤平柱小菊型，⑥管柱小菊型。在大花区里，舌状花系有 4 类 21 型：平瓣类：⑦宽瓣型，⑧芍药型，⑨翻卷型；匙瓣类：⑩莲座型， (11) 卷散型， (12) 舞莲型， (13) 圆球型， (14) 舞球型；管瓣类： (15) 圆盘型， (16) 疏管型， (17) 管球型， (18) 翎管型， (19) 枯针型， (20) 纽丝型， (21) 散发型， (22) 大勾环型， (23) 小勾环型， (24) 垂珠型， (25) 飞舞型， (26) 龙爪型；毛刺类： (27) 毛刺型。盘花系里有 3 类 3 型：平瓣托柱类： (28) 平瓣托柱型；匙瓣托柱类： (29) 匙瓣托柱型；管瓣托柱类； (30) 管瓣托柱型。
1982年，中国园艺学会花卉盆景协会菊花品种分类学术讨论会经过研究，对菊花的分类做了统一界定，分5类30型。分别是：（1）平瓣类：宽带、荷花、芍药、平盘、翻卷、叠球；（2）匙瓣类：匙荷、雀舌、蜂窝、莲座、卷散、匙球；（3）管瓣类：单管、翎管、管盘、松针、疏管、管球、丝发、飞舞、钩环、贯珠、针管；（4）桂瓣类：平桂、匙桂、管桂、全桂；（5）畸瓣类：龙爪、毛刺、剪绒。
分类学家对菊花的原祖有一些不同看法，或认为野菊（ Dendranthema indicum ）是菊花的祖先，或认为小红菊（ Dendranthema chanetii ）、甘菊（ Dendranthema lavan-dulaefolium ）是原祖。可以肯定的是菊花不是单元起源的，不能用简单的种系发生方法来概括。
注意：菊花品种繁多，但不可混种否则极易串种影响品质。
