猪瘟细胞苗是将猪瘟兔化弱毒（生产毒株）接种在人工培养的牛睾丸细胞上，加入一定的营养液和犊牛血清进行培养，定期、分批收取培养液加工制成；猪瘟脾淋苗是将猪瘟兔化弱毒接种到未与猪有过任何接触的家兔体内，通过接种前后严格的体温测试，将合格兔子宰杀取其脾脏和淋巴结经固定工艺加工而成。
从生产工艺看，细胞苗的质量应比脾淋苗稳定。因为细胞苗的苗毒是在实验室条件下通过细胞培养获得，其培养液、培养温度、培养时间及其他环境都是可控的，只要实验室人员具备基本的责任心，就完全可以做到苗毒剂量的相对稳定。而脾淋苗的苗毒则是通过把苗毒毒株接种到活体兔，使苗毒在兔体内复制，再定期收割兔体的脾脏和淋巴结获得。
由于兔体个体对苗毒的敏感程度不一，从不同兔体收获的苗毒，其剂量可能存在很大差异。理论上，虽然脾淋苗的苗毒剂量可以通过把苗毒原液稀释到一定比例（1：50000）接种兔，观察接种兔是否出现发热反应来检测，但接种兔是否出现发热反应不但与兔体对苗毒的敏感性有关，还与其他各种外界因素有关。很明显，如果接种兔在观察期间刚好感染了其他病原，其发热反应就有可能不是接种苗毒引起。此外，因脾淋苗的苗毒生产成本很高，疫苗生产厂家能否严格做到使用未曾接种过兔瘟疫苗的兔子来做脾淋苗，也是一个值得怀疑的问题。
据2009年冷和平、钟超武等在珠海市那洲猪场所作的猪瘟脾淋苗与细胞苗的免疫效果对比试验得出的结果，以及那洲猪场近几年只用猪瘟细胞苗免疫，并将12次免疫后抽取血清送不同检测机构检测的结果—抗体合格率在70%以上这些结果来看，猪瘟细胞苗不仅价格低廉，而且猪瘟抗体的免疫抗体能达到较高的水平，完全可以保证猪场不会出现猪瘟，建议广大养殖户尽量使用猪瘟细胞苗。
