调查资料显示，内蒙古自治区新型农村牧区合作医疗制度从2004年进行试点到2010年底已覆盖98个旗县（市区）。参加新农合人数达1214万人，参合率为92.87%；全区新农合基金18.8亿元，人均筹资标准达到155元，其中各级政府人均财政补助为127元；87%的旗县政策范围内的住院报销比例超过60℅，封顶线最低的3万元，最高约12万元，超过当地农牧民人均纯收入的6倍。新农合框架已经形成，运行机制日趋完善。为了进一步扩大受益面，各地开展提高统筹层次、推行门诊统筹、深化支付方式改革等试点。包头市率先实行了市级统筹，全区79℅的旗县（市区）开展门诊统筹，30℅的旗县（市区）开展以门诊总额预付、单病种限价、按病种定额付费为主的支付方式改革试点工作。为进一步便民利民，让农牧民得到实惠，各地实行了出院病人即时结报制度。全区98个旗县参合农牧民在旗县内自主选择定点医疗机构，全部实行了旗县内即时结算。68℅的旗县实行了新农合经办机构与旗县外定点医疗机构即时结算。自治区直属8家医疗机构与呼和浩特市周边的6个盟市签订了为参合农牧民提供即时结算服务协议，开展了即时结报工作。应该说，内蒙古自治区新农合作医疗制度已经全面建立，并形成了稳定的运行机制，为减轻农牧民看病医疗负担发挥了积极作用。新农合工作是一项直接面对广大农牧民群众、政策性强、涉及面广的社会系统工程。目前，筹资水平还不高，保障能力有限，管理手段落后，监管力量薄弱，特别是信息化速度慢，多数盟市均没有建立盟市级信息平台，农牧民在盟市内各旗县间流动就医还不能实现现场即时结报。由于信息化建设缓慢，管理手段落后，管理分散，管理能力低下，一些医疗机构不规范收费套取新农合基金，损害农牧民利益的行为和一些不法分子通过虚假病历、发票骗取新农合基金的事件难以杜绝。这些问题的存在，与各级新农合管理机构不完整密切相关。
把巩固发展新农合制度作为农村牧区卫生工作的重点，使新农合制度和农村牧区卫生服务体系相互促进、协调发展，是进一步完善新农合制度的关键。推行盟市级统筹，实行异地参合就医，扩大覆盖面；继续提高保障水平；加大基金监管力度；大力推进信息化建设，提高监管能力；实现与农村牧区医疗救助制度等相关制度的衔接；加强农村牧区新农合定点医疗机构在准入、退出机制方面的管理等，是亟待完成的重要工作环节。
设置独立的新农合管理机构是杜绝漏洞、改善环境、保证新农合工作不断发展所必需的前提条件。但是，自治区及大部分盟市至今还没有这样的管理机构，大多数由农卫科兼管新农合事宜。这不仅与新农合的发展不相适应，而且成为一种制约因素，必须引起重视，加以改进。因此，希望国家在内蒙古自治区设置独立的新农合管理机构方面给予政策、指导、资金等多方面的支持，以利于自治区的新农合工作进一步发展和完善。
