回答酒曲中的主要菌种为酵母菌。按制曲原料区分，酒曲的主要原料为稻米、小麦，因此也可以将它叫做米曲、麦曲。米曲的品种较多，其中小曲用米粉制作，红曲、米曲（米曲霉）、乌衣红曲用蒸熟的米饭制作。现代将酒曲分为小曲、大曲、麦曲、红曲、麸曲，其中小曲可酿造小曲白酒，大曲可酿造蒸馏酒，麦曲可酿造黄酒，红曲可酿造红曲酒，麸曲可代替部分小曲或大曲。
一、酒曲是什么菌种
1、酒曲中的菌种以酵母菌为主，它具有酿酒、制作豆酱等用途。
2、按制曲原料进行区分，其原料以稻米、小麦为主，也称米曲、麦曲。米曲的种类较多，用米粉制作称为小曲，用蒸熟的米饭制作称为红曲、米曲（米曲霉）、乌衣红曲。
3、现代大致将酒曲分为5大类，分别为小曲、大曲、麦曲、红曲、麸曲。小曲主要用来酿造黄酒、小曲白酒；大曲可用来酿造蒸馏酒；麦曲主要用来酿造黄酒；红曲主要用来酿造红曲酒；麸曲是用纯种霉菌接种以麸皮为原料的培养物，可代替部分小曲、大曲。
二、酒曲和酵母的区别
1、性质不同
（1）酒曲：将曲霉的分生孢子移入经过强烈蒸煮的白米中，然后保温，米粒上便会茂盛地生长出菌丝。
（2）酵母：发酵型有机物在某些菌或酶的作用下分解，即称“发酵”，可让有机物发酵的真菌称“酵母菌”。
2、起源不同
（1）酒曲：起源已无从考证，最早的文字记载或许为周朝著作<<书经·说命篇>>中的“若作酒醴，尔惟曲蘖”。
（2）酵母：起源于公元前3000年，最早在市场上销售的产品为酵母泥，此产品具有发酵速度快的特点，但不便使用和运输，因此难以商业化。
3、用途不同
（1）酒曲：富含微生物和酶，糖分会在酶的催化作用下分解为乙醇，所以常被用来酿酒。
（2）酵母：一般用来发酵食品，比如面包、蛋糕、饼干等，掺入食用酵母粉（5%左右）后可提高其营养价值。
