发酵
腐熟肥料使用前经过堆沤发酵后，微生物把有机动植物残体、粪便分解而成为植物能够吸收的成分；未腐熟肥料使用前未发酵，如果直接施用，发酵作用会在土壤中完成。
氧气
腐熟肥料在发酵期间需要大量的氧气，会产生大量的热量和有毒气体，但施用时不会与植株争夺氧气；而未腐熟肥料施用时在土壤中完成发酵，会和植株争夺氧气，产生的热量会灼伤根系。
杂质
腐熟肥料杂质较少，未腐熟肥料中含有大量病菌、虫卵，植物容易受病虫危害。
气体
蚯蚓可在施用了腐熟肥料的土壤里存活，可以疏松土壤，促进植物根系发育；而未腐熟肥料中有苯酚或氨气残留，不适宜蚯蚓生存。
利用率
腐熟肥料一部分养分转化为速效养分，能够被植物快速吸收；而未腐熟肥料中的氮肥以尿酸或者尿酸盐的形式存在，作物不仅不能吸收，还对作物的根系生长发育有害。
