祁门红茶的发酵温度为20～25℃，发酵是初制的第三道工序，是形成色香味的主要阶段，为决定祁红品质的关键，发酵室光线要暗，湿度要大，温度控在30℃以下，发酵时春茶约3～5小时，夏秋茶2～3小时。
祁门红茶的制作工艺特别考究，分为初制、精制两大过程。初制奠定品质的基础，而精制则将相对粗糙的毛茶升华而成丰神俊秀的上品。
初制四道工序，精制十几道工序，近十个级别，几十种花色，极尽繁复考究，每一个动作都是不厌其烦的重复、倾尽心血的工夫，为其他工夫红茶所不能比拟，所以祁门红茶又被称为“祁门工夫红茶”，更被誉为中国工夫红茶的代表。
一，采摘
采摘祁门红茶的时间很关键，特别对于特级的红茶来说尤为重要。由于茶树品种以及地势的原因，较早的祁门红茶一般在三月中旬就开始采摘。最好的时间是在清明前后到谷雨前后这时的鲜茶是春季的第一批，一芽一叶到一芽两叶，是茶树生长过程中最鲜嫩的时候，光是看到芽头就不禁想要尝鲜。而祁门红茶的采摘季节从清明节之前开始一直到夏末时节。
二、萎凋
萎凋作为祁门红茶制作的第一步预示着一份好茶的开端，有经验的做茶人将刚采摘下来的鲜茶叶进行充分的摊晾，这样使叶片中的水分均匀地散开，达到自然萎凋的作用，这时候，做茶人会凭借多年的做茶经验判断萎凋的时间。
三、揉捻
揉捻是手工操作的第一步，这个过程中每一片茶叶都会频繁地接触到做茶人的手，做茶人适度地揉制鲜茶，这是茶叶成形的第一步。在揉制的过程中，鲜茶不断出现茶汁，而且鲜茶叶的细胞不断破碎，茶多酚余空气接触发生氧化作用，为接下来的操作做好铺垫。有意思的是，做茶人的手上会有一层茶汁，透出一股茶叶的清香，沁人心脾。
四、发酵
发酵是祁门红茶制作尤为重要的一步，关乎成茶的口感色泽。做茶人会将揉制之后的鲜茶叶放入特有的竹篓中，加力压紧并用湿布焐至茶叶慢慢变色。经过发酵，鲜茶叶褪去了原来本有的绿色，逐渐转变为红色，而且散发着一股茶叶的清香。
五、干燥
发酵之后，做茶人会进行祁门红茶的干燥工序，他们会把发酵后的茶叶放置特制的竹器上，以高温烘焙，使茶叶进行进一步的水分蒸发，在这个过程中，做茶人要不断地观察，将茶叶一次次的翻身，以保证茶叶受热均匀。
六、抖筛
将干燥后的茶叶进行筛选，对茶叶的粗细，长短进行抖筛，更讲究的进行初抖、毛抖、净抖3道工序，并且每次的要求都不一样，考验的是做茶人的耐心和技术。
七、手筛
之后，做茶人会用特制竹器筛制茶叶，凭借经验和技术，将茶叶又分出不同的等级。
八、打袋
经过严格筛选的茶叶还会剩下一些茶头，这时候做茶人会将它们装进布袋，紧握袋口，将袋底不断摔打在光滑的石头上，把茶头进行进一步筛选，不断重复，进行分级。
九、风选
利用农家人特有的风扇，将茶叶按重量进行风选，从中剔除轻质的茶叶，保证等级分类的精准。
十、飘筛
飘筛是做茶人特有的手法，这样可以在风选的基础上进一步筛选，将一些轻质黄叶剔除，保证筛选过后的茶叶无杂质。
十一、撼盘
撼盘也是做茶人特有的手法，在风选和飘筛的基础上，做茶人有技巧地将茶叶从撼盘中的茶叶扇起，进一步去除细小轻微的黄叶。
十二、手拣
之后，由做茶人在各等级的茶叶中进行手工筛选，去除微小的残片，黄叶，杂物，使各等级的茶叶划分更加清晰。
十三、拼配
不同等级的茶叶会有差异，由于高要求，严等级的分类，做茶人会凭借多年的制茶经验将各等级茶按一定比例拼配出符合规格的成品茶小样。
十四、补火
因为在筛选过程中，干茶会受到潮气的侵入，最后还需要进行一次补火，即将筛选过后的茶叶再进行一次烘焙，这个时候对于火候的把握也是至关重要，太大会导致茶叶焦掉，太小则不能达到干燥的作用。
十五、匀堆
匀堆也称“官堆”，简单点说，匀堆就是将补过火的各等级茶分层倒入匀堆场，用木齿耙向外梳耙，使各等级茶调拌均匀。这个工序也是拼配工艺当中的一个部分。
