一、炭疽病。
炭疽病是一种常见的真菌病害，病害发生时，病斑处会有着粉红色的黏状物，主要危害的鸟巢蕨的嫩叶。开始时会在叶缘或着叶尖处出现水渍状近圆形的暗褐色的小斑，随后逐渐由几个病斑扩大至成不规则的大斑块，颜色变成焦黄色，有的病斑会呈现云片状，边缘有浅红色的晕圈，此后病斑会变成灰白色，有许多的微小黑色斑点，严重的时候整个叶片都会死亡。防治此病以预防为主，在新叶形成时的梅雨季节和高温湿润季节应当喷药预防。保证适宜的温度、湿度，和良好的通风，叶片要保持干燥，并且需要注意不要将带病植株引入，彻底清除鸟巢蕨叶片附近的病残体，便可预防此病的发生。
二、褐斑病。
蕨类植物的褐斑病又称为叶斑病或者叶枯病，经常发生在叶片顶端，受害的叶片初期是圆形黑斑，然后扩大成圆形或者近圆形，病斑边缘呈黑褐色，中央为灰黑色并且有小黑点，此后病斑会扩大迅速，叶片最后变为黑色干枯而亡。这种病症主要传播途径是落叶，春夏秋季均有可能发生的，高温多湿季节比较流行。防治这种病症，在发现有病株时，要立即隔离喷药，或者是剪除并且集中焚烧，同时进行喷药保护。药物可采用50%多菌灵1000倍液等
三、线虫病。
又称为根瘤线虫或者根结线虫，病原为白色线状两头尖软体的虫子。病株发生褐斑发生萎蔫，并逐渐枯亡而死。多种温室蕨类植物都会受线虫的侵害。防治方式，通过清除受害叶片，消除线虫的生长条件，来减轻其侵害。可以用10%克线磷或者25%丙线磷等杀虫剂进行喷杀，施药后覆盖新鲜的黄土，灌少量的水，可以明显压低根结线虫虫口密度。也可以用热水处理来防治巢蕨的线虫侵害，栽植乌巢蕨之前用43℃热水浸泡植株10到15分钟左右即可。
